從1987年導入馬偕醫院的醫院管理資訊系統開始，埔基的醫療服務即正式地進入資訊化作業的時代，而後隨著健保的開辦與院方自主開發的發展決策引導，在桃園聖保祿醫院資訊團隊的協助之下，開啟了本院資訊系統自主開發的新里程。”三十而立“ 這個自古以來衡量一個人是否獨立的年齡分水嶺，對於埔基的資訊系統來說，除了是肯定近資訊部門自主開發的成果之外，更期許資訊部門在未來的發展上，立定使系統運行更具智慧、操作更具靈活的發展目標．同時，藉著資訊化的輔助，使埔基醫療服務的品質得以持續精進，照護作業的效率更加提升。
軟體自主開發的初期，隨著在地化的策略，聖保祿醫院軟體開發人員直接進駐埔基，經由與使用者的就近互動溝通，進行核心系統的開發，教育訓練團隊則在系統成熟之後隨即進行軟體教育訓練與問題的回收改善，同時間也對埔基資訊人員給予系統開發與維護上的技術訓練．如此的團隊運作，讓埔基資訊系統在健保開辦的同時，幾近於無痛的進行了第一次的升級，成功的導入了符合健保運作的醫院管理資訊系統．主機系統也從早期的集中式系統走向開放式的主從架構的系統．這也為本院日後軟體開發模型與硬體擴充升級建立了相當重要的基礎。
隨著資訊科技的進步，埔基的資訊系統陸續的開發在許多的操作介面，桌上型電腦、筆記型電腦、平板甚至是手機的應用．軟體的發展更是從早期的掛號、批價收費等偏重於行政作業的應用，擴及到門急診醫囑、檢驗檢查、手術作業、電子病歷等等臨床支援的資訊系統．近年來更隨著國家醫療政策的規範，導入電子簽章、雲端應用等先進技術．所有的發展，都是期待能能在醫療服務、照護品質與病人安全的提升上能扮演醫護人員好幫手的角色。
除了支援本院對於資訊應用的需求外，本著愛鄰如己的院訓．本院的資訊團隊在2009年，參與我國的國際醫療援助計畫，遠渡重洋的將我們的系統輸出到遠在西非布吉納法索的龔保雷國家醫院．成功的將我們的開發經驗複製到友邦的國家醫院，在地化的系統調整讓埔基的系統很快的融入了當地的就醫經驗；主機虛擬化的科技應用降低了系統運作的成本與維護的難度；今年開始實施的遠端維護協助，更為培養該院資訊人員獨立作業能力做鋪陳。
埔基資訊的第一個三十年過去了．延續既有的基礎，讓我們拭目迎接埔基資訊新世代的到來．又到了歲末的時節，在全地充滿安祥與喜樂氛圍之中，為著每位曾在埔基資訊發展路上投入的同工們再度獻上感恩與祝福。因為埔里基督教醫院與在此所服侍的大埔裡地區，正是：「…是耶和華你神所眷顧的；從歲首到年終，耶和華你神的眼目時常看顧那地。」（申命記 十一：12）